La CEAF est une union d'églises de confession protestante et d'expression liturgique intégrant l'africanité. Crée en 1990, elle est dès sa création membre associé de la Fédération Protestante de France (FPF).
Le pasteur Majagira Bulangalire est le président de la CEAF. Originaire du Congo-Kinshasa, inspiré par le socialisme en vogue dans l’Afrique de la décolonisation, il met toute l’énergie de sa jeunesse à ne pas croire. La foi, pense-t-il alors, n’est qu’un fait culturel. Il vient suivre des études d’histoire en France et se tourne vers la sociologie à l’École Pratique des Hautes Études puis vers plusieurs instituts de théologie. Devenu pasteur protestant, il tente de fédérer les Églises pour permettre à tous les croyants d’origine africaine de vivre leur foi. Aujourd’hui la CEAF a près de 20 ans et compte 38 communautés membres de 100 à 1000 personnes, majoritairement composées de jeunes.